Egy különc művész.
1853. július 5-én született Kisszebenben (Szlovákia), és itt is kezdte tanulmányait. A magyar nyelv tökéletes elsajátítására szülei az alföldi rokonaikhoz küldték. Sokat kerülte az iskolát, inkább a természetben gyönyörködött, különféle rovarokkal, lepkékkel, dongókkal és méhekkel játszott.
1874-ben Budapesten járt egyetemre, ahol gyógyszerészetet tanult, majd később jogot is hallgatott. Apja gyógyszerész volt, ő is azzá lett, évekig patikában dolgozott.
Festői pályája különös módon indult, egy „jóslattal”.
1880. október 13-án egy meleg őszi délután egy percre leült a patika ajtaja elé pihenni, s lerajzolta egy vény hátára a szemközti ökrös szekeret. A rajz láttán pedig „az idős, jólelkű” patikavezető így kiáltott fel: „Hisz maga festőnek született!”. Ekkor Csontváry hangot hallott: „Te leszel a világ legnagyobb napút festője”.
Ezt követően több iskolában képezte magát, járt a Vatikánban, tanult Münchenben, Párizsban.
Festészetét nem lehet behatárolni, ő maga a „Napút festők” közé sorolta magát.
A napút nem egyszerűen csak azt jelentette számára, ahogy a nap bejárja útját keltétől nyugtáig, hanem azt is, ahogy a nap energiát ad le a térnek, megadva annak szerkezetét, ahogy a tér visszaadja energiája egy részét a napnak, és ennek az állandó energiaáramlásnak az intenzitását jelzik a színek. Folyamatosan kutatta a napszakokhoz kapcsolódó színeket. Festékeit, amelyek a művei különös színvilágát adják, saját maga keverte.
A kortársai nem értették, különcsége, látnoki-profétikus allűrjei miatt mindig kilógott, jelentőségét csak a halála után ismerték fel. Kerülte a dohányt, az alkoholt, egyesek őrültnek, pszichopatológiás esetnek vélték. Ráadásul a képeit megtartotta, így nem sok műve került a nagyközönség szeme elé. Rengeteget utazott, járt Olaszországban, Egyiptomban, a Közel-Keleten, folyamatosan a „nagy motívumot” keresve.
1919. június 20-án halt meg a budapesti Új Szent János Kórházban, a hivatalos kórisme szerint verőérgyulladásban, bár egyesek szerint éhen halt.
Örökösei anyagárban akarták vásznait eladni kocsiponyvának, egy arra járó fiatal építész mentette meg műveit az utókornak.
A Magányos cédrus, A taorminai görög színház romjai, a Hídon átvonuló társaság nélkül sokkal szegényebb lenne a magyar festészet.
